随着和平的到来而走向近代化的木叶忍者村。高楼林立，巨大显示屏中播放出影像，连结各区域的电车在村里奔驰。虽说是忍者村，但一般民众也增多，忍者的生存方式也在逐渐改变的这个时代—— 村子的领袖，第七代火影·漩涡鸣人的儿子慕留人，进入了培育忍者的学校“忍者学校”。周围的学生们带着“火影的儿子”这样偏见的目光看待慕留人，但慕留人凭借天生的破天荒性格将这种小事轻松越过！ 慕留人与新的伙伴相遇，他将如何挑战突然发生的神秘事件？ 在众人心中如疾风般狂奔的“漩涡慕留人”的物语，现在开始！！
这一天，三姐妹家来了一位从小岛上来的客人，一个与三妹年龄相仿的外国小男孩祖尔，还有一直奇怪但是满可爱的小动物，有一点象北欧神化里的龙，大概是他的宠物吧。小男孩带来一封信，邀请三姐妹到太平洋上印尼附近的一个岛国巴鲁去，因为所有的花费都不用她们出，于是三姐妹和祖尔一起踏上了往遥远南方小岛的征途。谁知到了那里，才知道巴鲁是一个很小的岛岛上，岛上的居民还过着相当落后的生活。他们的大哥旅行到了岛上，被岛上的神“里奥兰卡”选为了国王，可是前不久独自出海后就再没有回来，现在兰卡要在三姐妹中选出一个新的王，而且兰卡会跟随着王，无论到哪里。三姐妹当然不相信这么离奇的话，可是当她们被带到一个古老的遗迹前时，小岛之神里奥兰卡巨大的身躯从地底冒了出来，三姐妹不得不相信眼前的现实。之后三姐妹又回到了日本，随后兰卡就从小岛上消失了。于是就发生了一开始兰卡大闹东京的一幕。 经过一场风波，日本政府决定把海原家划为巴鲁国的大使馆，兰卡作为国王的私有财产受到法律的保护，三姐妹的生活从此不再平静，更另人担心的是隐隐之中一个叫“虚神会”的神秘组织好象在幕后搞着什么阴谋。
在那神话般的暑假结束后，群马县的山路赛车手们仍然陷于一片骚动的热潮当中。先是怪物般的ＡＥ８６连战连胜的神话，然后是来自京都的ＬＡＮＥＶＯ军队帝王队的挑战，闪电车队与夜婴车队都相继败在ＬＡＮＥＶＯ的车轮下，下一个目标将是谁呢？ 曾在碓冰山道与拓海比赛过，虽然输掉了“碓冰山道最快”的称号，但却得到了继续赛车的勇气的佐藤真子，正在为自己的感情而烦恼着。在好友沙雪的撮合下，一位来自妙义夜婴车队的成员对她展开了追求，然而对方却希望她放弃赛车……感情、或者是赛车，两者在真子心中孰轻孰重呢？
在23世纪，一艘名为萨尔德斯号的宇宙探测采矿船正在执行一项艰巨的任务，这个任务预计需要持续整整20年。船上共有14名经过训练的船员，以及一只可爱的名叫莉莉的猫咪。在漫长的航程中，一场意想不到的危机降临了。从冬眠中苏醒的某些船员发现，一颗陨石撞击船体，随之而来的是一种不明病毒的入侵。这种病毒神秘地寄生在人类身上，具有惊人的变异能力，可使感染者以任意的形态转变，甚至变成人们想象中神话传说中的各种怪物。 情势的急转直下让船员们陷入了混乱和恐惧之中。无法辨别谁已被寄生成了怪物，他们互相猜疑、争斗不休。每当黑夜降临，紧张的氛围渗透在船舱的每个角落，船员们都战战兢兢，小心翼翼。在这个紧迫的局势中，不幸的死亡事件接连发生。每一次丧命都让剩下的人更加警惕，同时也深埋了更多的猜疑和恐惧。他们开始收紧安全措施，限制彼此的交流，并加强防护措施，以尽量减少病毒的传播。
藤原拓海由于不败的战绩，必然会受到新的挑战。 《头文字D》的第二部着重突出拓海的成长，当然不乏激烈的挑战。最经典的要数赤诚和依吕波山路两位老大的比拼。年轻的拓海在爱情上触了礁，在输给帝王车队的lanEvo 3后，拓海遇到了人生的挫折，对自己和AE86产生了怀疑，AE86真的有足够的实力吗？ AE86的重生来自拓海的爸爸文太，他为AE86改装了赛车用引擎。同时，拓海遇到了同样是AE86的强劲对手秋山涉。有意思的是比赛规则是在同一赛道两车来回追赶，直到其中之一能超越对方为止，既要技术又考耐力。胜利让拓海继续接受这辆AE86和重拾信心回到车手的生涯。
199X年。主人公ノブが見つけた就職先は拳王軍で、志望者よりも死亡者が多い危険すぎる職場で、働くことになる。ババアに変装したザコやカサンドラのウイグル獄長、聖帝軍の“汚物は消毒の人”など個性豊かなザコが登場する。
此為TV版動畫第三部，從1997年4月4日至1997年9月26日放映，全26話。 此作完全脫離原作，為動畫原創故事，原創的角色也很多。由於是動畫原創，部分設定和原作設定相矛盾，並且原本的主角：莉娜等人的存在變成了半個旁觀者。故事走向太過於沉重路線，和原作原本的作風相距甚遠，所以沒有受到與前二作相等的評價。
