20世紀末の現代、高校生の火野ヤマトは体育館で自分の名を呼ぶ巨大な「魔神」の幻影を見る。幻を振り払おうとするヤマトであったが、「魔神」とともに「見知らぬ女性」の声が聞こえたとき、ヤマトは声に歩み寄ってしまう。 ヤマトが「魔神」によって運ばれた先は1万年前に地殻変動で海に沈んだはずのムー大陸であった。訳が判らないヤマトに対しムーの民たちは彼を「マジンガーが選んだ救世主」と持ち上げる。彼らムーの民の守護神こそ、彼を現代から過去に運んだゴッドマジンガーであった。そんな折、ムーの民と拮抗する勢力であるドラゴニアが襲来すると、再び「魔神」の声がヤマトを呼び寄せる。ヤマトがゴッドマジンガーと融合したとき、ゴッドマジンガーはドラゴニアの恐竜軍団を撃退するのであった。
涉谷有利（樱井孝宏 配音）是一名普通的高中生，一日偶然之中，他竟然被抽水马桶冲往了异世界“真魔国”，在真魔国中，黑衣黑发的他被指定为第二十七代魔王，在此之前，他必须认真修行，培养足以成为魔王的能力。有利遇见了温文尔雅的孔拉德（森川智之 配音），孔拉德告诉有利，他将成为有利的保护者一直陪伴在有利的身边。因为一个耳光，有利和保鲁夫拉姆（斋贺弥月 配音）结下了不解之缘，在真魔国，打耳光居然是求婚的方式。 在真魔国修炼的时间里，有利认识了各式各样有趣的人物。外表冷漠但内心温柔的古音达鲁（大冢明夫 配音）和怎么看都异常完美的浚达（井上和彦 配音）更是为有利成为魔王助了一臂之力。正当有利的能力越来越强时，他被卷入了一场政治纠葛之中。
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某日，正在上高中的巳真兔季子（KEY）突然接到了和自己相依为命的爷爷的死讯，但她却哭不出来，因为她是个“机器人”，一个由爷爷亲手创造的完美的“机器人”，也正是由于这一点她从小就一直受到周围同龄人的讥笑和嘲讽。爷爷死前给KEY留下了口信，“去吧，孩子，你不用再作为一个机器人活着，去成为一个真正的人......但有个条件，你必需要有朋友，真正的朋友，能全心全意为你哭、为你笑的人，人数大约需要三万人。” 抱着这样一个几乎不可能实现的愿望，KEY只身来到东京。在这里她遇到了以前国中的朋友厨川樱，以及偶像歌星美浦的歌迷会会长三和土州一，大家一起为实现KEY的愿望，将她发展成偶像歌手而努力着。同时爷爷的助手若木知叶也悄悄来到了东京，似乎预示着KEY身边会发生不寻常的事。另一方面，偶像歌星美浦及其所属的米诺斯公司也并非看上去的那么简单，到底它的后台老板蛙杖有什么不可告人的目的？他与KEY爷爷的死有关吗？KEY的身体里到底有什么秘密？她最后能如愿地成为偶像，变成一个普通的女孩吗？
