神不在的星期天

 2006年，为配合NDS版（钻石、珍珠版）的上市，TV动画同步推出全新系列《神奇宝贝钻石&珍珠》（Pokémon Diamond & Pearl，简称DP）。对战开拓区篇结束后，小遥为了独自挑战城都地区的华丽大赛和小智告别，小胜回到了橙华道馆，小刚也回家去了。小智则受到了小茂的激励，独自带着皮卡丘和偷渡的长尾怪手前往神奥地区挑战联盟。 新登场的女主角小光，其蓝本取自电玩NDS版。为了成为顶尖协调训练家，小光从家乡双叶镇来到了位于真砂镇的山梨研究所领取最初的神奇宝贝。而同一时间，小智也抵达神奥地区，并在那里和小刚再度会合。机缘巧合，小光救了被火箭队抓走的皮卡丘，三人就一同结伴旅行，展开了新的旅程。 《神奇宝贝珍珠&钻石》每周四在日本首播。台湾也由中视进行转播，网络上能够找到前105集的国语配音。

 因天灾而失去母星的宇宙流浪民族——十亿巴姆星人希望向地球移民，双方在月球基地展开了谈判，但是谈判过程中却发生了巴姆星里昂大元帅被人阴谋投毒暗杀事件，里昂之子里希迪鲁情急之下误杀了地球方面代表龙崎勇。最后谈判破裂，巴姆星人开始了对地球的全面侵攻作战。 另一方面，龙崎勇博士的儿子龙崎一矢与好友夕月京四郎完成了宇宙飞行，返回了地球。利用一矢与京四郎从宇宙带来的新型能源戴莫光线，龙崎博士的好友和泉博士终于完成了他与龙崎博士共同设计的超级机器人斗将戴莫斯。龙崎一矢继承父亲的遗志，成为了戴莫斯的机师。在战场上，一矢救下了失忆的美少女艾莉卡，两人一见钟情，然而艾莉卡却是巴姆星地球侵攻总司令里希迪鲁提督的妹妹……一矢与艾莉卡将直面残酷的宿命。巴姆星解放军与奥鲁邦一党进行着不懈的斗争，艾莉卡逐渐成长为解放军的领袖，里希迪鲁开始一直敌视一矢与妹妹之间的感情，但在奥鲁邦的阴谋逐渐被揭露，他的战友巴鲁巴斯和莱萨先后为揭露阴谋和掩护自己而牺牲之后，里希迪鲁在地球军和巴姆星解放军的帮助下决定亲手解决战争元凶来洗刷自己与地球开战的罪恶。

 ガイラー星的考察队遭遇事故而在地球迫降，迟迟等不到本星救援队的考察队内部终于发生了内乱，过激派ゲルドン夺权称帝，建立ガイラー帝国并准备利用超兵器空爆机器人侵略地球。主和派的ヤン博士为了阻止ゲルドン的野心，将新型空爆机器人“グロイザーX”托付给女儿リタ，并让她将ゲルドン帝王的野心告知地球人。リタ脱出后遇到了特技飞行员海坂譲，两人一同驾驶グロイザーX开始了战斗。

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　　这个世界里，人类被视为劣等种。冒险者小队「种族会」中负责扛行李的人类少年‧莱特，在世界最凶险的迷宫「奈落」深处遭伙伴放逐，甚至想取他性命。
　　为了在「奈落」活下去，莱特自暴自弃地用了唯一的技能《无限扭蛋》，结果竟召唤出强大无比、「等级9999」的伙伴们──！
　　之后过了三年，莱特自己也升到了等级9999。带着对自己忠心耿耿又怀有好感的美少女们（而且所有人都是等级9999），他以压倒性的力量开始进军地上!!