1897年，大韩帝国时代动荡混沌，时有不同罪案发生，别巡检调查队四出调查，找寻破案的线索。 别巡检第2季的时代背景为1897年大韩帝国的国号宣布之后，比第1季还要迟些。高宗自俄罗斯回国后自称为皇帝，由此朝鲜便变为帝国，以阐明国家的自主性和独立性。并且施行了财政、教育、军事等几乎全方位的光武改革，令朝鲜向现代化迈进了一大步。因此这个时期应该是比第1季更为激动人心的时期，然而大韩帝国所追求的新价值，让国民看到的却是比任何时候都强大的同一与自主的混乱。
从小就很懂事的李素英（李宝英 饰），志愿是和弟弟尚宇（朴海镇 饰）一起成为一名医生。但中途自己的父亲李项材（千浩振 饰）失业了。失业的父亲也不努力寻找工作，总是幻想着一夜暴富。赌博，借高利贷，拖累了素英一家人，尤其拖累的自己的妻子，妻子不久就抱病离世。妈妈的离去对素英是巨大的打击，她不得不放弃攻读医学院的机会，而是把尚宇送去了大学，对于父亲则是与日俱增的仇视。经过努力成为律师的素英结识了Winners社长姜禹才（李相允 饰），得到了许久未得到的关爱。 而自己的弟弟尚宇则一直是父亲和姐姐中的纽带，希望可以缓解姐姐和父亲间的紧张情绪。一场父女之间亲情的，爱与恨的故事拉开序幕。
故事讲述梦想成为一名真正医生的朴院长，却在门可罗雀的诊所中苦恼医术和商术，再次经历残酷现实的搞笑故事。本剧改编自张奉洙的同名网络漫画。
在第二季中，故事继续双线并进。在1945年的大阪，善慈被迫在二战期间为家人的生存做出危险的决定。而在1989年的东京，白所罗门从头探索全新的开始。
