时间是第一次拉达姆之战过后十年,人类已掌握铁加曼系统,并以第一次拉达姆之战中被素体化的人类为基础,着手重建铁加曼系统。而拉达姆不甘心上次的失败,派遣大量舰队驶向地球,在太阳系外围与地球防卫军展开激战。同时,为了对抗新的敌人,宇宙骑士队重组,并着手制造新的铁加曼。第二部中,由美,大卫,娜塔沙作为新的主角登场,而亚纪则成为新的宇宙骑士队队长,我们第一部的英雄D-BOY作为宇宙骑士队的灵魂,为人所知的仅是十年前一战与月球基地同时消失于天际这一残酷的事实。而故事即由此展开。
20世紀末の現代、高校生の火野ヤマトは体育館で自分の名を呼ぶ巨大な「魔神」の幻影を見る。幻を振り払おうとするヤマトであったが、「魔神」とともに「見知らぬ女性」の声が聞こえたとき、ヤマトは声に歩み寄ってしまう。 ヤマトが「魔神」によって運ばれた先は1万年前に地殻変動で海に沈んだはずのムー大陸であった。訳が判らないヤマトに対しムーの民たちは彼を「マジンガーが選んだ救世主」と持ち上げる。彼らムーの民の守護神こそ、彼を現代から過去に運んだゴッドマジンガーであった。そんな折、ムーの民と拮抗する勢力であるドラゴニアが襲来すると、再び「魔神」の声がヤマトを呼び寄せる。ヤマトがゴッドマジンガーと融合したとき、ゴッドマジンガーはドラゴニアの恐竜軍団を撃退するのであった。