小新今年5岁了，不要以为他是那种懵懂无知的小孩，他其实人小鬼大，喜欢漂亮的姐姐，收养了一条棉花糖一样的流浪狗——小白，还经常讲些无厘头的黄色笑话。小新的妈妈美伢是一个全职主妇，粗心而又有点神经质的她经常被小新捉弄得七窍生烟，爸爸野原亦经常被这两母子搞得晕头转向。 《蜡笔小新》的作者以一个5岁小童的眼光，40岁的成年人的心态去观察这个大千世界，看到了许多光怪陆离的景象，小新一家的幽默故事亦由此产生。
在遥远的莱茵凡王国，王妃诞下了一对双胞胎，可是这对可怜的婴儿自打出生，就背负了残酷的命运。邪恶的教主预言，其中的女婴会在16岁之际成为毁灭世界的可怕存在，因此，刚刚出生的帕西菲卡卡尔苏（折笠富美子 配音）就被下令处决。出于怜悯，帕西菲卡被一对夫妇收养，隐姓埋名的长大。在新家里，帕西菲卡认识了没有血缘关系的的哥哥夏浓卡尔苏（三木真一郎 配音）和姐姐拉克薇尔卡尔苏（大原沙耶香 配音），三人过着平静而快乐的生活。 可是，命运不肯放过帕西菲卡，帕西菲卡依旧活着的消息走漏到了教会中，面对着接踵而来的杀手和人们的敌视，在哥哥的保护下，帕西菲卡踏上了逃亡的旅程。随着年龄的渐长，“废弃公主”毁灭世界的预言是否会成真？
ガイラー星的考察队遭遇事故而在地球迫降，迟迟等不到本星救援队的考察队内部终于发生了内乱，过激派ゲルドン夺权称帝，建立ガイラー帝国并准备利用超兵器空爆机器人侵略地球。主和派的ヤン博士为了阻止ゲルドン的野心，将新型空爆机器人“グロイザーX”托付给女儿リタ，并让她将ゲルドン帝王的野心告知地球人。リタ脱出后遇到了特技飞行员海坂譲，两人一同驾驶グロイザーX开始了战斗。
故事舞台设定在被人遗忘的街道“旧都·东京”，而各种事件也大多发生在这个旧都·东京之中。故事的男主角是一个年仅11岁的美型少年日向真行（日向マユキ）。他与管家晴岚、女仆初实一起，凭借着寄宿在日向身上的不可思议的能力“神智”开始向旧都·东京发生的《梦幻事件》发起了挑战。
