A.D.2199 Dec 一年の締め括り、街は新年への期待で活気づいていた。 そんな最中をSS級の統制機構反逆者にして史上最高額の賞金首、「ラグナ＝ザ＝ブラッドエッジ」が第十三階層都市「カグツチ」に出現したという情報が走り抜ける。 対象「ラグナ＝ザ＝ブラッドエッジ」は別名「死神」と称され、その行動目的は統制機構の壊滅といわれている。 対象に懸けられた高額な賞金や彼の所有する絶対無比の力を持つ魔道書を狙い、様々な者達がここ第十三階層都市「カグツチ」に集結する。
故事舞台设定在被人遗忘的街道“旧都·东京”，而各种事件也大多发生在这个旧都·东京之中。故事的男主角是一个年仅11岁的美型少年日向真行（日向マユキ）。他与管家晴岚、女仆初实一起，凭借着寄宿在日向身上的不可思议的能力“神智”开始向旧都·东京发生的《梦幻事件》发起了挑战。
自从盖塔射线被发现并作为一种重要的能源被广泛使用以来，人类已经经历了大半个世纪，但是，神秘的外星生物Inventor（来访者）自月面开始侵袭地球，人类濒临危机。于是，人们自发制造了大量的Super Robot去应战，终于击退了这些怪物。随着早乙女博士的死亡，世界盖塔射线的研究权威机构——早乙女研究所渐渐被废弃，当年杀害博士的元凶，就是原盖塔队队长——流龙马，如今已经被判处无期徒刑，处于监禁中，曾作为战争中拥有最强大力量的盖塔队也就此解散。 一日，原盖塔队成员——巴武藏和车弁庆在运送军方重要物资的时候，于山路上再度遇见了消失多时的Inventor，并受到了截击，巴武藏驾驶盖塔三号机应战，酣战多时，中途却被一巨大的机器人攻击，它全身深红，背后生有恶魔的翅膀，它是弑神者——真盖塔。并不知情的武藏被打成重伤，而真盖塔也同时收拾掉了Inventor，强大的力量令人咋舌，而操纵者，竟然是原本应该在３年前死去的早乙女博士。 到底是怎么回事呢？Inventor侵攻地球的谜团，盖塔射线的秘密，即将要揭晓了。！
