主人公岛村乔，某日被神秘的男人们抓住改造成了人造人。在世界的暗影中活跃着的死亡商人“黑幽灵团（Black Ghost）”为了制作划时代的新商品•人造人士兵的试验品，偶然地选择了乔。但是，乔被先前改造的8名人造人和改造他们的吉尔莫亚博士告知了当下的情况后，与他们共同从黑幽灵团逃走了。 他们在得知黑幽灵团的野心后便不断阻止敌方的行动，然而拥有着同样力量的人造人战士却只有他们。胸中怀着人类的心和机器所没有的悲伤心情，人造人战士们为了粉碎黑幽灵团的野心而不断地持续着战斗。
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20世紀末の現代、高校生の火野ヤマトは体育館で自分の名を呼ぶ巨大な「魔神」の幻影を見る。幻を振り払おうとするヤマトであったが、「魔神」とともに「見知らぬ女性」の声が聞こえたとき、ヤマトは声に歩み寄ってしまう。 ヤマトが「魔神」によって運ばれた先は1万年前に地殻変動で海に沈んだはずのムー大陸であった。訳が判らないヤマトに対しムーの民たちは彼を「マジンガーが選んだ救世主」と持ち上げる。彼らムーの民の守護神こそ、彼を現代から過去に運んだゴッドマジンガーであった。そんな折、ムーの民と拮抗する勢力であるドラゴニアが襲来すると、再び「魔神」の声がヤマトを呼び寄せる。ヤマトがゴッドマジンガーと融合したとき、ゴッドマジンガーはドラゴニアの恐竜軍団を撃退するのであった。
