450年前，企图称霸宇宙的哈迪斯大帝战败而被幻神星人娜伦用史特拉石碑阵封印。 450年后的现代，为了复活哈迪斯，其手下佐拉博士派遣机动骑士与宇宙巨兽攻击地球。幸运的是，在此同时，幻星神兽雷零守亦因此苏醒，而原来平凡的高中生伊达翔太、真田由加以及就读京南大学的平贺真也，受到召唤化身成为幻星神战士，负责保护地球这一神圣使命。 一场星际战争，让人类文明在遥远的星球上开花结果。 一个战乱纷飞的年代，涌现出无数的英雄人物， 让“勇气”、“智慧”、“仁爱”三个力量拯救地球！
人类制造出了机器人作为他们的帮手，但机器人却最终背叛了人类，夺走了地球的统治权。就在人们被逼的走投无路之时，一位名叫露娜（矢岛晶子 配音）的少女成为了他们最后的希望。邪恶的机器人统领布莱金（内海贤二 配音）感受到了露娜所带来的威胁，派出了强大的机器人杀手追杀露娜，卡夏（古谷彻 配音）就是其中之一。最终，露娜死在了卡夏的手上。 露娜死后，整个世界开始迅速的衰败，一晃眼数百年过去，无论是人类或是机器人，都早已经不复存在。就在此时，卡夏再度现身，只是此时的它已经失去了曾经的记忆，在黑暗和混沌之中只剩下迷惘。
ヒャッコクジムのジムリーダー・ゴジカに勝利し、7つ目のジムバッジを入手したサトシ達は8つ目のポケモンジムがある街・エイセツシティに向けて、旅を続けていた。その道中、一行は正体不明のポケモン「プニちゃん」を旅に連れていくのだが、「プニちゃん」は謎の集団・フレア団に狙われていた。 击败了第七道馆的道馆训练家葛吉花后，小智一行人继续以收集齐八枚徽章为目标向映雪市进发。在旅途中，他们遇到了正体不明的绿色生物“小软”（基格尔德·核心）及为其目标而行动的神秘团体“闪焰队”。
