2002年，数码世界面临灭亡的危机！数码世界本是由究极天使兽、基路比兽及神圣天女兽三大天使所管治的，然而其中一位天使——基路比兽却叛变，这使得数码世界的平衡受到破坏，并开始崩溃…… 古代曾经拯救数码暴龙世界的十斗士现在已不存在。就在这危急关头，十斗士的斗士精神把新力量给予了另一个世界——现实世界的孩子…… 主角拓也等人，将进入数码世界，变身成数码暴龙，投入这场冒险与战斗的旅程！
ガイラー星的考察队遭遇事故而在地球迫降，迟迟等不到本星救援队的考察队内部终于发生了内乱，过激派ゲルドン夺权称帝，建立ガイラー帝国并准备利用超兵器空爆机器人侵略地球。主和派的ヤン博士为了阻止ゲルドン的野心，将新型空爆机器人“グロイザーX”托付给女儿リタ，并让她将ゲルドン帝王的野心告知地球人。リタ脱出后遇到了特技飞行员海坂譲，两人一同驾驶グロイザーX开始了战斗。
这个世界里，人类被视为劣等种。冒险者小队「种族会」中负责扛行李的人类少年‧莱特，在世界最凶险的迷宫「奈落」深处遭伙伴放逐，甚至想取他性命。 为了在「奈落」活下去，莱特自暴自弃地用了唯一的技能《无限扭蛋》，结果竟召唤出强大无比、「等级9999」的伙伴们──！ 之后过了三年，莱特自己也升到了等级9999。带着对自己忠心耿耿又怀有好感的美少女们（而且所有人都是等级9999），他以压倒性的力量开始进军地上!!
