《廉政英雄》叙述警匪对峙的情节，该剧以检察官侦破社会重大案件的经过为主。法务部目前已搜集67个案件、27个检察官故事，其中有多个曾轰动一时的真实重大刑案。
故事的主人公韦小宝（李小飞 饰），一个刁钻聪敏的年轻人，他从小跟随母亲居住在扬州妓院。他因为帮助天地会抵抗清兵而闯下了大祸，被老太监私自带入宫中并冒充小太监。在宫中，韦小宝与少年皇帝康熙（周绍栋 饰）成了亲密无间的朋友，两人之间有着深厚的友情。他们联手打击了宫中的奸臣，帮助康熙消灭了成宫中的红人。 然而，韦小宝的生活变得更加复杂。他误打误撞成为了天地会总舵主的弟子，并被要求刺杀康熙，这让他感到左右为难。韦小宝无意中发现神龙教的计划，他们派遣人冒充太后潜伏在宫中多年，企图盗取大清的命脉——藏宝图。真正的太后则被囚禁。康熙与韦小宝联手，冒险救出了太后。
民国八年，美丽如画的桐城溪口，寄傲山庄里住着清贫却快乐的一家人，落魄乐人萧鸣远对子女管教严格又慈爱，大女儿雨凤（蒋勤勤 饰）、二女儿雨鹃（朱茵 饰）已经是婷婷玉立的少女了。这天雨凤和归程中的展家大少爷展云飞（庹宗华 饰）邂逅，云飞没有表明自己的身份，二人堕入爱河。 展家二少云翔（焦恩俊 饰）因为妻子天虹曾经喜欢过云飞，对云飞一直心怀不满和妒忌，为了报复云飞，当他向萧鸣远索债不成时一把火烧了寄傲山庄，萧鸣远被活活烧死。从此愤怒的火焰就燃烧在雨鹃的心中。 心痛的云飞毫不犹豫地伸出援手照顾萧家五个孤苦伶仃的孩子，正当雨凤决定接受云飞的感情时，云翔出现并揭穿了云飞的真正身份。雨凤痛不欲生，云飞为了重获芳心付出了更多的努力。而人面兽心的云翔竟然试图对雨鹃施暴，忍无可忍的雨鹃开始实施复仇计划，她利用自己的美貌想借他人之手，然而终归是天真的雨鹃能算到江湖老狐狸的心机吗？ 苍天有泪，苍天也有爱。
本剧讲述了充满人情味的昭和刑警与冷酷的令和刑警，挑战长期未解决的实际处于“搁置”状态的事件的推理故事。反町饰演的昭和刑警·飞鹰千寿和杉野饰演的令和刑警·不破利己之间的代沟搭档，将凭借些许线索，逼近即将风化的事件真相。
