「光明之心」的故事始于某一天，一位神秘少女辉夜在温达利亚岛的海岸上被男主角里克发现，其后更发现她的记忆和感情均已失去，而通过与岛上居民进行心灵交流，辉夜也一点点地取回了感情。与此同时，本身和平的温达利亚岛却引来了大量的海贼，原来这些海贼的目的都是想拿走辉夜颈上戴着的灵石。为了帮辉夜取回她的记忆和感情，同时也为了再次恢复温达利亚的和平，同样因为某种原因漂流到了温达利亚，并在岛上的魔法面包屋工作和生活着的里克，决定与一同在面包屋工作的三位女主角蕾丽丝、艾亚丽及亚米露一同展开冒险之旅。
在遥远的莱茵凡王国，王妃诞下了一对双胞胎，可是这对可怜的婴儿自打出生，就背负了残酷的命运。邪恶的教主预言，其中的女婴会在16岁之际成为毁灭世界的可怕存在，因此，刚刚出生的帕西菲卡卡尔苏（折笠富美子 配音）就被下令处决。出于怜悯，帕西菲卡被一对夫妇收养，隐姓埋名的长大。在新家里，帕西菲卡认识了没有血缘关系的的哥哥夏浓卡尔苏（三木真一郎 配音）和姐姐拉克薇尔卡尔苏（大原沙耶香 配音），三人过着平静而快乐的生活。 可是，命运不肯放过帕西菲卡，帕西菲卡依旧活着的消息走漏到了教会中，面对着接踵而来的杀手和人们的敌视，在哥哥的保护下，帕西菲卡踏上了逃亡的旅程。随着年龄的渐长，“废弃公主”毁灭世界的预言是否会成真？
新故事发生在22世纪的地球，大规模战争虽然没有爆发，但各地也已经频频发起战乱。而就在这些地方，一个帮助弱者的巨大机器人——被人们誉为“神一样存在”的“断空我NOVA”，出现了。 不过奇怪的是，“断空我NOVA”真正存在的意义就连身为驾驶员的那四个人也不知道。与此同时，曾是“断空我NOVA”宿敌的机器人也突然降临，向地球袭来。“断空我NOVA”开始展现出原有的力量拯救地球，悲鸣的战歌再一次唱响！
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