奈基虽然还只是一个十岁的少年,但是他已经是英国国立魔法学校的优秀毕业生了.以成为出色的魔法使为目标的奈基,为了完成毕业论文而来到麻帆良学园担任女子中等部二年A班的导师.刚来报道的第一天,温和的奈基就不幸的惹到了班上活泼脱线的女生神乐坂明日菜,虽然他小心翼翼的保守自己会使用魔法的秘密,但是一次为了救班上的图书管理员宮崎のどか同学,不小心被神乐坂明日菜看到,并且因为意外KISS而与之结下契约,成为魔法使从者.奈基和神乐坂明日菜等31位女生的笑闹校园生活从此揭开了序幕……
20世紀末の現代、高校生の火野ヤマトは体育館で自分の名を呼ぶ巨大な「魔神」の幻影を見る。幻を振り払おうとするヤマトであったが、「魔神」とともに「見知らぬ女性」の声が聞こえたとき、ヤマトは声に歩み寄ってしまう。 ヤマトが「魔神」によって運ばれた先は1万年前に地殻変動で海に沈んだはずのムー大陸であった。訳が判らないヤマトに対しムーの民たちは彼を「マジンガーが選んだ救世主」と持ち上げる。彼らムーの民の守護神こそ、彼を現代から過去に運んだゴッドマジンガーであった。そんな折、ムーの民と拮抗する勢力であるドラゴニアが襲来すると、再び「魔神」の声がヤマトを呼び寄せる。ヤマトがゴッドマジンガーと融合したとき、ゴッドマジンガーはドラゴニアの恐竜軍団を撃退するのであった。
