七海露西亚是七个美人鱼王国之一北太平洋国的公主。为了从小时侯遇到的遭遇海滩的男孩那里要回给他的珍珠而来到人间。 也许能碰到初恋的那个他，抱着这样一丝期待…… 来到人间的露西亚和偶然相遇的冲浪少年堂本海斗遭到了海中水怪的袭击。其实海斗就是以前露西亚救过的男孩。对海斗怀着朦胧爱慕的露西亚用珍珠的力量变身，手持麦克风一边唱歌一边跳舞，将水妖们打败……
故事发生在名为“眉难”的高级中学里，由布院烟（梅原裕一郎 配音）和鬼怒川热史（西山宏太郎 配音）是社团“地球防卫部”中的一员，某日，在澡堂里，两人意外邂逅了名为翁巴特（麦人 配音）的神秘生物，翁巴特提出了一个离奇的请求，那就是希望他们能够“守护地球”。 次日，翁巴特再度现身于校园之中，误打误撞之下，与其说是天真烂漫不如说根本就是一个笨蛋的箱根有基（山本和臣 配音）、爱财如命的鸣子硫黄（白井悠介 配音）、校园超人气男神藏王立（增田俊树 配音），以及由布院烟和鬼怒川热史五个人，成为了为保护地球而战的“变身少年”。
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20世紀末の現代、高校生の火野ヤマトは体育館で自分の名を呼ぶ巨大な「魔神」の幻影を見る。幻を振り払おうとするヤマトであったが、「魔神」とともに「見知らぬ女性」の声が聞こえたとき、ヤマトは声に歩み寄ってしまう。 ヤマトが「魔神」によって運ばれた先は1万年前に地殻変動で海に沈んだはずのムー大陸であった。訳が判らないヤマトに対しムーの民たちは彼を「マジンガーが選んだ救世主」と持ち上げる。彼らムーの民の守護神こそ、彼を現代から過去に運んだゴッドマジンガーであった。そんな折、ムーの民と拮抗する勢力であるドラゴニアが襲来すると、再び「魔神」の声がヤマトを呼び寄せる。ヤマトがゴッドマジンガーと融合したとき、ゴッドマジンガーはドラゴニアの恐竜軍団を撃退するのであった。
