远古时代，掌管古世界的邪恶魔石「DB」在现代的这个世界上，再度的苏醒了！！为了要拯救全人类，神明派了一位使者来到世上，而且是个能够使用圣石「RAVE」的少年！ 居住在车库岛的哈鲁，与姊姊凯特蕾雅一同过着平静的生活。但是自从偶然钓起一只不明生物——普鲁之后，身边便发生了一连串的事件。为了找寻真相，哈鲁决定离开小岛，前往未知的世界……
神崎堇因为灵力丧失决定退出花组，回到神崎重工。
魔术师与英灵为夺取能如愿所偿的愿望机“圣杯”而展开圣杯战争。日本的第五次圣杯战争结束后的几年，在美国西部的城市雪原市被观测到有新的圣杯战争预兆，集结的魔术师与英灵…… 缺失的职阶，无法被选中的英灵，暗中涌动的国家，为战斗造起来的城市。
从人类的思想和感情诞生的「e-脉冲」，被作为AI辅助装置「辅助蛋」的能量源被运用。 在社会获得显著发展的背后，恐怖的怪物出现了。 吞食e-脉冲进化的生命体「数码兽」。
自从盖塔射线被发现并作为一种重要的能源被广泛使用以来，人类已经经历了大半个世纪，但是，神秘的外星生物Inventor（来访者）自月面开始侵袭地球，人类濒临危机。于是，人们自发制造了大量的Super Robot去应战，终于击退了这些怪物。随着早乙女博士的死亡，世界盖塔射线的研究权威机构——早乙女研究所渐渐被废弃，当年杀害博士的元凶，就是原盖塔队队长——流龙马，如今已经被判处无期徒刑，处于监禁中，曾作为战争中拥有最强大力量的盖塔队也就此解散。 一日，原盖塔队成员——巴武藏和车弁庆在运送军方重要物资的时候，于山路上再度遇见了消失多时的Inventor，并受到了截击，巴武藏驾驶盖塔三号机应战，酣战多时，中途却被一巨大的机器人攻击，它全身深红，背后生有恶魔的翅膀，它是弑神者——真盖塔。并不知情的武藏被打成重伤，而真盖塔也同时收拾掉了Inventor，强大的力量令人咋舌，而操纵者，竟然是原本应该在３年前死去的早乙女博士。 到底是怎么回事呢？Inventor侵攻地球的谜团，盖塔射线的秘密，即将要揭晓了。！
为了变得更强而正在旅行的少年钢银河，在偶然的机会下帮助并认识了同样热爱战斗陀螺的小学生汤宫健太。此后两人以战斗陀螺为缘由不断认识着更多的朋友与敌人，共同体验着陀螺对战带来的各种乐趣与磨练，并逐渐成长起来。
