拥有着可以制裁伤害人类的恶灵并将其送往彼世的能力的天才魔法律执行人六冰透及其助手草野次郎，一直以来都有为恶灵所困扰的人们来向他们求助。和圆宙继战斗过后数日，六冰和次郎从魔监狱返回，终于回到了自己的日常生活之中。然而在这样的六冰等人的面前，执行人五岭陀罗尼丸的出现，将他们卷入了新的战斗之中——。
人类制造出了机器人作为他们的帮手，但机器人却最终背叛了人类，夺走了地球的统治权。就在人们被逼的走投无路之时，一位名叫露娜（矢岛晶子 配音）的少女成为了他们最后的希望。邪恶的机器人统领布莱金（内海贤二 配音）感受到了露娜所带来的威胁，派出了强大的机器人杀手追杀露娜，卡夏（古谷彻 配音）就是其中之一。最终，露娜死在了卡夏的手上。 露娜死后，整个世界开始迅速的衰败，一晃眼数百年过去，无论是人类或是机器人，都早已经不复存在。就在此时，卡夏再度现身，只是此时的它已经失去了曾经的记忆，在黑暗和混沌之中只剩下迷惘。
20世紀末の現代、高校生の火野ヤマトは体育館で自分の名を呼ぶ巨大な「魔神」の幻影を見る。幻を振り払おうとするヤマトであったが、「魔神」とともに「見知らぬ女性」の声が聞こえたとき、ヤマトは声に歩み寄ってしまう。 ヤマトが「魔神」によって運ばれた先は1万年前に地殻変動で海に沈んだはずのムー大陸であった。訳が判らないヤマトに対しムーの民たちは彼を「マジンガーが選んだ救世主」と持ち上げる。彼らムーの民の守護神こそ、彼を現代から過去に運んだゴッドマジンガーであった。そんな折、ムーの民と拮抗する勢力であるドラゴニアが襲来すると、再び「魔神」の声がヤマトを呼び寄せる。ヤマトがゴッドマジンガーと融合したとき、ゴッドマジンガーはドラゴニアの恐竜軍団を撃退するのであった。
故事发生在名为“眉难”的高级中学里，由布院烟（梅原裕一郎 配音）和鬼怒川热史（西山宏太郎 配音）是社团“地球防卫部”中的一员，某日，在澡堂里，两人意外邂逅了名为翁巴特（麦人 配音）的神秘生物，翁巴特提出了一个离奇的请求，那就是希望他们能够“守护地球”。 次日，翁巴特再度现身于校园之中，误打误撞之下，与其说是天真烂漫不如说根本就是一个笨蛋的箱根有基（山本和臣 配音）、爱财如命的鸣子硫黄（白井悠介 配音）、校园超人气男神藏王立（增田俊树 配音），以及由布院烟和鬼怒川热史五个人，成为了为保护地球而战的“变身少年”。
