在城市的不起眼角落，经营着名叫樱屋的粗点心小店。小店上一代的主人已经去世，如今店主的孙子太郎（小田切让 饰）继承了这里。虽然这只是家月营业额仅三万元左右小店，但太郎仍尽心和奶奶（八千草薰 饰）守护着这里，守护他们一成不变平凡的生活。三十多岁形同废柴的太郎，日常最爱干的就 是和啃老损友三枝（胜地凉 饰）、刚（前野朋哉 饰）、大哥（岛田久作 饰）等蹲在后院吃零食打发无聊的时光。青梅竹马礼子（尾野真千子 饰）离婚后回到了这里，两人若即若离，羞涩暧昧。 相识的人三三两两来到小店，这里对太郎以及其他人来说，都有着无法一言道尽的意义……
结衣（泽尻绘里香 饰）曾经也拥有过美满的家庭，和丈夫阳一（藤木直人 饰）共同养育着可爱的儿子小广（道枝骏佑 饰），她觉得自己的生活就如同小时候看的那些童话故事书里一般的美满。直到有一天，结衣去幼儿园接小广放学回家，仅仅是走神的那一瞬间，小广失踪了。 这巨大的打击给这个家庭带来了毁灭性的后果，作为小广的看护人，结衣成为了众矢之的，在失去了儿子之后，阳一紧接着离开了她。一晃眼9碾过去，某日，小广以少年的模样再度出现在了结衣的面前，可这失而复得带给结衣的却并不只是欣喜。在这失踪的9年里，小广有7年都是和一位名叫麻子（小池荣子 饰）的女性一起度过的。
日本警视厅特殊部队（SIT）小队长濑文焚流（加濑亮 饰），在一次执行任务时遭遇队友的离奇死亡，面对高层他百口莫辩，最终被调职到公安部公安第五课——不明事件调查科。该部门专门调查一些匪夷所思的超自然案件，当然在所谓“科学昌明”的现代化社会，这也意味着第五课是一个很难得到认可的边缘部门。除濑文外，第五课只有油滑的上司野野村光太郎和智商高达201的怪女孩当麻纱绫（户田惠梨香 饰）。在此期间，预言师、神之手等各种各样拥有超能力（SPEC）的人物接连登场。 濑文在和当麻办案的过程中，渐渐趋近了一个鲜为人知且充满阴谋和秘密的未知世界……
