《海底小纵队第九季》讲述了一群可爱小动物组成的海底探险小队的故事。他们居住在神秘基地——章鱼堡，随时准备出发去解决海底、陆地、空中的险情、排除可能发生的危险。小纵队成员们以巴克队长为领导核心，集结呱唧、皮医生、达西西、章教授、西瓦、巴德等团队成员在全球各地完成“探险、拯救、保护”的使命。他们足智多谋，各怀绝技，齐心协力，时刻准备克服险情，排除危机，为各种各样真实存在的陆地及海洋生物提供帮助与救援。
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新星历时代，星际联盟建立“伊甸园”系统，此后，人类自出生起便能远离一切痛苦烦恼。不幸的是，八大星系中仍有1%的人口无法接入“伊甸园”，他们被放逐到第八星系，成了人们口中的“残次品”。其时，联盟上将林静恒被人陷害，颠沛流离至第八星系，与满怀教育理想的青年陆必行相识。然而，生活看似平静，却暗流汹涌。联盟倾覆，海盗横行，二人只得带领“残次品”们展开星际冒险，揭开层层谜团。
一把斩神剑，为小镇青年石荒所得，从此担负起救世之则；天北学院入学，莫辱少年志，石荒奋起反抗世家势力；天骄考核，为护帝国安，孤身犯险圣灵潭！
青虫怪利用监视蔬菜精灵的办法偷窥到了很多蔬菜精灵们的秘密，在得意之下他大肆宣扬，放了个大喇叭对着蔬菜园，循环播放自己观察到的秘密嘲笑蔬菜精灵们，蔬菜精灵们很生气，觉得自己的隐私被侵犯了，大家决定主动出击去找青虫怪算账。没过几天，蔬菜精灵们造出了一个空中播放器，他们要以欺人之道还治欺人之身，收集了青虫怪的癖好和隐私在空中播放，而且还会随着导航向其它的青虫居住地飞行，让青虫怪也尝尝隐私被人侵犯的滋味。青虫怪即恼怒又无可奈何，只好躲在贪吃府不出门，蔬菜园又可以维持一段时间的平静了
松隆奈奈子（花泽香菜 配音）是一个平凡的大学女生，一次偶然中，她邂逅了学长武蔵小麦（石田彰 配音）并迅速的坠入了情网。为了追随学长的脚步，松隆加入了小麦所在的“变研会”，哪知道，就是这样一个简单的决定，让松隆瞬间陷入了一个由各种变态组成的恐怖世界中。 有受虐倾向的同级生水月美和子（高口幸子 配音），视金钱为上的莳子（河原木志惠 配音），摄影发烧友市河菱靖（森训久 配音）， 不良少女加藤杏奈（新谷良子 配音），在这些怪人的围绕下展开向往的大学生活真的没关系吗？没有任何变态嗜好的松隆又将在这样的生活里经历怎样的遭遇呢？
阿牛得到雷神托尔的神锤与火魔战斗，在朋友的帮助下战胜了火魔。接下来星猫一行人一起去狮王城寻找狮子座星座战士。阿杰进入狮王城打听到狮王城的国王白狮王和皇后神秘失踪，经过调查发现这一切都是狗头法师搞的鬼。马戏团里的小丑大牌竟然是失踪的狮王城王子？为什么白狮王和皇后被关在神秘的地牢？等等，关在地牢里的还有小吉和司令？ 乐观的两位小天使终于想起三弟从天神星发来的求救讯息，正当所有人为天神星发生的一切担心时，垃圾二人组之一的阿瑟叫醒了天神星十二判官，处刑人和执法官到底使用了什么秘密武器让天神星里被复制的魔化兵害怕？再次被吵醒的仙女姐姐看到蟑螂发生了什么？ 复制版的狗将军和太白老爹搭乘狗头战舰正赶往地球，星猫他们能化险为夷吗。
十万年前，暗中布局万古的任行，在快要摧毁黑暗动乱的那一刻，被亲手培养的六大源神背叛，肉身被废之后，囚于绝境之域，两万年之后，八位大帝强者以身陨为代价，强行救出任行肉身，并将之藏匿八万年。八万年后，任行苏醒，他利用万古布局，在今世落下最后一子，走上了一条横推诸天之路！
贝塔是一只宠物鼠，他经常会驾着小主人的小坦克对付老是欺负他的大花猫，好不神气；而舒克则是一只生活在丛林里的小老鼠，一次偶然，他得到了一架小小的直升飞机，有了直升机后，舒克经常开着它在丛林中飞来飞去，帮助朋友们。终于，贝塔厌倦了整天呆在家里的生活，决定开着他的坦克出外闯荡世界。 某天早上，贝塔出发了。当他的坦克来到了丛林后，发现舒克的直升机。两人由此交上了手。一番大战后，两人终于握手言和，而且成了好朋友。这对海空作战的好拍档开始了他们的冒险之旅！
