1945年，程慈航作为一名游学归来的刑侦专家，刚刚在码头遇到了一场险情。一只铁箱成为了多方势力争夺的焦点，里面存放着日军细菌武器的绝密档案。铁箱被警察厅厅长莫采石存放在档案馆的密室里，然而在一夜之间却神秘失窃，案情从此变得扑朔迷离不可捉摸。
程慈航意识到此案件的重要性，因为它牵扯到日军的秘密细菌武器。他决定向长期以来的“叔叔”莫采石请战，希望能够揭开这一谜团。总署刑侦警察局局长霍然随即特聘程慈航为布衣侦探，授权他调查此案。程慈航上任后，迅速发现了一些蛛丝马迹，并逐步接近真相。然而，他却屡遭阻挠，每当他接近关键线索时，总有人先他一步将相关人员杀害，使得案件的幕后黑手更加神秘。程慈航将如何解开这个扑朔迷离的案件，找到失踪的档案，以及揭示幕后黑手的真正身份，这一切都将在剧中逐步揭晓。
