在二十世纪袭击地球的大灾害“落星雨”之下,世界多数的都市遭到毁灭。但从陨石中发现的未知元素——万应素,让人类的科学技术加速发展,终于诞生出被称作“星脉世代”的、拥有特异之力的新人类。 故事发生在世界最大的综合战斗娱乐项目“星武祭”的舞台,由六所学院包围、通称为六芒星的水上学园都市“六花”。转学到星导馆学园高等部的特待生·天雾绫斗,为了实现自己的愿望,而发誓在这个都市中战斗。
20世紀末の現代、高校生の火野ヤマトは体育館で自分の名を呼ぶ巨大な「魔神」の幻影を見る。幻を振り払おうとするヤマトであったが、「魔神」とともに「見知らぬ女性」の声が聞こえたとき、ヤマトは声に歩み寄ってしまう。 ヤマトが「魔神」によって運ばれた先は1万年前に地殻変動で海に沈んだはずのムー大陸であった。訳が判らないヤマトに対しムーの民たちは彼を「マジンガーが選んだ救世主」と持ち上げる。彼らムーの民の守護神こそ、彼を現代から過去に運んだゴッドマジンガーであった。そんな折、ムーの民と拮抗する勢力であるドラゴニアが襲来すると、再び「魔神」の声がヤマトを呼び寄せる。ヤマトがゴッドマジンガーと融合したとき、ゴッドマジンガーはドラゴニアの恐竜軍団を撃退するのであった。
人类制造出了机器人作为他们的帮手,但机器人却最终背叛了人类,夺走了地球的统治权。就在人们被逼的走投无路之时,一位名叫露娜(矢岛晶子 配音)的少女成为了他们最后的希望。邪恶的机器人统领布莱金(内海贤二 配音)感受到了露娜所带来的威胁,派出了强大的机器人杀手追杀露娜,卡夏(古谷彻 配音)就是其中之一。最终,露娜死在了卡夏的手上。 露娜死后,整个世界开始迅速的衰败,一晃眼数百年过去,无论是人类或是机器人,都早已经不复存在。就在此时,卡夏再度现身,只是此时的它已经失去了曾经的记忆,在黑暗和混沌之中只剩下迷惘。