历经百年的时光，将人类与外侧世界隔开的墙壁。在墙壁的另一侧，似乎有前所未见的世界延伸开来。火焰之水、冰之大地、砂之雪原……记载在书中的，尽是些激发少年探究心的文字。在时间流转，墙壁被巨人毁坏的现在，人类正一步步接近世界的真相。巨人的真实身份是什么？为何墙壁中会埋着巨人？巨人化的艾伦·耶格尔所持有的“坐标”之力是？以及，西斯托利亚·雷斯究竟知道这个世界的什么事情？在艾伦等104期兵的加入下，建立新体制的利威尔班。最强最恶的敌人，阻拦在开始行动的他们面前。
故事发生在名为“眉难”的高级中学里，由布院烟（梅原裕一郎 配音）和鬼怒川热史（西山宏太郎 配音）是社团“地球防卫部”中的一员，某日，在澡堂里，两人意外邂逅了名为翁巴特（麦人 配音）的神秘生物，翁巴特提出了一个离奇的请求，那就是希望他们能够“守护地球”。 次日，翁巴特再度现身于校园之中，误打误撞之下，与其说是天真烂漫不如说根本就是一个笨蛋的箱根有基（山本和臣 配音）、爱财如命的鸣子硫黄（白井悠介 配音）、校园超人气男神藏王立（增田俊树 配音），以及由布院烟和鬼怒川热史五个人，成为了为保护地球而战的“变身少年”。
因天灾而失去母星的宇宙流浪民族——十亿巴姆星人希望向地球移民，双方在月球基地展开了谈判，但是谈判过程中却发生了巴姆星里昂大元帅被人阴谋投毒暗杀事件，里昂之子里希迪鲁情急之下误杀了地球方面代表龙崎勇。最后谈判破裂，巴姆星人开始了对地球的全面侵攻作战。 另一方面，龙崎勇博士的儿子龙崎一矢与好友夕月京四郎完成了宇宙飞行，返回了地球。利用一矢与京四郎从宇宙带来的新型能源戴莫光线，龙崎博士的好友和泉博士终于完成了他与龙崎博士共同设计的超级机器人斗将戴莫斯。龙崎一矢继承父亲的遗志，成为了戴莫斯的机师。在战场上，一矢救下了失忆的美少女艾莉卡，两人一见钟情，然而艾莉卡却是巴姆星地球侵攻总司令里希迪鲁提督的妹妹……一矢与艾莉卡将直面残酷的宿命。巴姆星解放军与奥鲁邦一党进行着不懈的斗争，艾莉卡逐渐成长为解放军的领袖，里希迪鲁开始一直敌视一矢与妹妹之间的感情，但在奥鲁邦的阴谋逐渐被揭露，他的战友巴鲁巴斯和莱萨先后为揭露阴谋和掩护自己而牺牲之后，里希迪鲁在地球军和巴姆星解放军的帮助下决定亲手解决战争元凶来洗刷自己与地球开战的罪恶。
ヒャッコクジムのジムリーダー・ゴジカに勝利し、7つ目のジムバッジを入手したサトシ達は8つ目のポケモンジムがある街・エイセツシティに向けて、旅を続けていた。その道中、一行は正体不明のポケモン「プニちゃん」を旅に連れていくのだが、「プニちゃん」は謎の集団・フレア団に狙われていた。 击败了第七道馆的道馆训练家葛吉花后，小智一行人继续以收集齐八枚徽章为目标向映雪市进发。在旅途中，他们遇到了正体不明的绿色生物“小软”（基格尔德·核心）及为其目标而行动的神秘团体“闪焰队”。
