达芬奇生活在一个宁静和平的小村庄里，每天都沉迷在自己研究的神奇发明中。他有个名叫洛伦佐的好朋友，勤劳勇敢，喜欢自然，总是给达芬奇许多帮助。达芬奇喜欢一名叫“蒙娜丽莎”的聪慧又机敏的女孩，在他们身边总是会发生许多有趣的事儿。直到一场大火烧毁了蒙娜丽莎家的农田，她的父亲为了生计，不得不让蒙娜丽莎嫁给一个富有却惹人讨厌的家伙。为了解救自己的伙伴，达芬奇从一个神秘说书人那里听说在弗洛伦撒附近的海域内藏有宝藏。
雨果和父亲大山生活在一个普通的小村庄里，但她却去过一个不为人知的神奇之地，那里就是神秘世界一个与人类世界平行的神奇空间，普通人进入神秘世界，三天后就会变成动物。传说，是神创造了这个神奇的世界，每年会有99只动物被选到这里，并成为族民，族长是一只奇怪的动物，它叫啦啦，是雨果最好的朋友。雨果自从记事后，就没有见过自己的妈妈。大山告诉雨果，妈妈常年在外进行科考工作。雨果非常想念妈妈，经常给她写信。一天，雨果突然发现，她写给妈妈的信并没有寄走，而是被大山藏了起来。雨果追问妈妈的下落，大山不得已说出了埋藏在心底多年的真相。原来，雨果的妈妈也曾经发现过神秘世界。为了寻找妈妈的下落，雨果和大山再次前往神秘世界。雨果的出现，为神秘世界带来了一个充满惊喜的早晨。雨果与神秘世界中的好朋友们再次重逢，族长啦啦的法术进步神速，熊大叔暗恋上了功夫与美貌并存的原住民首领兰。好朋友们正沉浸在重逢的喜悦中，一只疯疯癫癫的企鹅出现，它说神秘世界即将毁灭，因为有一只恶龙闯入了神的领地......
