《金龟子》动画大电影从一个乐天派的昆虫——金龟子的冒险旅程展开讲述，它生活在一所珍稀昆虫研究中心“人造丛林”的虫箱里，过着简单快乐的生活。直到有一天，一只外来的蜻蜓水哥打破了这份平静……水哥向金龟子描述了虫箱外的世界，金龟子心向往之，它决定挣脱虫箱的束缚。但是虫箱外的世界真的像金龟子和朋友们想象得那般美好吗？传说中的“黄金大峡谷”真的存在吗？在那个崭新而又充满未知的世界里，金龟子和它的朋友们会历经怎样的一番奇遇呢？一段惊险又有趣的冒险旅程就此开始了！
美日战争爆发，14岁的清太带着年幼的妹妹到处逃命，当他们到达防空洞的时候，母亲已身受重伤，没过多久便不久人世。两兄妹自此过着相依为命的日子。他们只好投靠了母亲的姐妹，纵使他们把家里所有的家当都送给了阿姨，但当食物吃完，他们就越感到了寄人篱下的感觉，清太决定带着妹妹离开独自生活。火灾硝烟中的生活并不好过，清太为了妹妹四处偷取食物，但妹妹还是严重营养不良…
U. C.0097时期，“拉普拉斯事变”的纷争终结后，2架独角兽高达被秘密封印，新吉翁残党“袖章”也随之瓦解。就在人类逐渐走出战争带来的阴影之时，失踪两年的独角兽三号机“凤凰”突然现身，拥有颠覆世界秩序力量的它即刻引发了地球联邦军、吉翁袖章残党以及路欧商会三方势力的争夺狩猎，一场宇宙对决也即将拉开帷幕......
