1897年，大韩帝国时代动荡混沌，时有不同罪案发生，别巡检调查队四出调查，找寻破案的线索。 别巡检第2季的时代背景为1897年大韩帝国的国号宣布之后，比第1季还要迟些。高宗自俄罗斯回国后自称为皇帝，由此朝鲜便变为帝国，以阐明国家的自主性和独立性。并且施行了财政、教育、军事等几乎全方位的光武改革，令朝鲜向现代化迈进了一大步。因此这个时期应该是比第1季更为激动人心的时期，然而大韩帝国所追求的新价值，让国民看到的却是比任何时候都强大的同一与自主的混乱。
刘慧静（朴信惠饰）曾是一个人人畏惧的女流氓，拳脚功夫了得的她曾因犯事而招来牢狱之灾。然而，监狱将是改变她人生轨迹的新起点。在监狱中，她明白了原本生活的错误，幡然醒悟的她决定痛改前非。于是，刑满释放后，头脑聪明的她决定发愤图强，砺志成为一个人人敬仰的女医生。而这个愿望也在数百个书不离手的日子后实现了。然而，身为女医生的惠静将面临着更为艰难的挑战。
“百货女王”洪海仁（金智媛 饰）与“超市王子”白贤佑（金秀贤 饰）的婚姻遭遇危机，危险状况持续到两人的爱情如奇迹般再次绽放。
