泡沫经济时期，二之宫小百合（铃木优华饰）是个“傲慢的大小姐”，人到中年却成了孤独的流浪汉。有一天，小百合邂逅了一本名为《老年计划的推荐》的书，知道了“人生中最重要的只有三件事”。之后在公园被不良少年扔石头，失去意识的小百合，回到了高中时代。同班同学尾上慎二（小宫璃央饰）的身影出现在那里。小百合反省自己的高中时代做了很多荒唐事，打算按照老年计划重新开始高中生活。@哦撸马
外表风光无限的堂上综合医院，实际上正经历着经营等方面的困境。在这里，本应“救死扶伤”的医生们似乎忘记了自己的职责与医德，醉心名利，惮于担当，明哲保身，如是弊端重重，正将这家医院推向万劫不复的深渊。这一天，名叫相良浩介（泽村一树 饰）来到此地。他是曾在大学医院供职十余年、有着三千次开刀经历的外科医师，丰富的从艺经验、阳光向上的开朗性格加上崇高无上的医德，让他成为广大患者的福音。泽村精湛的医术很快一起医院内外的关注，而以森山卓（高岛政伸 饰）医生为首的一众“寄生虫”则视其为眼中钉。 白衣天使的明争暗斗，关乎荣誉与私利的对决……
国际航空公司的副驾驶员新海元（木村拓哉 饰）一直梦想成为机长。在一次从火奴鲁鲁飞回日本的飞行上，机长水岛突然感到身体不适导致无法继续驾驶。这种突发的危机时刻，因为新海的冷静判断，致使飞机安全降落。因为过失，新海遭到了检察官香田一树（堤真一 饰）的严厉责备和女机械师绪川步实（柴崎幸 饰）的不满。新海感到十分受挫情绪低落。 水岛机长因为身体原因，决定完成最后一次飞行就退休。香田不放心水岛的身体和新人新海，决定陪同他们一起飞行。在飞行过程中，香田见证了新海的专业能力和判断力，对新海有了不用以往的认识。但行事严厉的香田依然秉持赏罚分明的态度，对违反了规定的新海给予停飞一星期的处分，这遭到了新海的不满。一出出航空公司的故事在这里起飞降落。
午夜12点，在繁华都市的一个小角落，一家食堂才刚刚开始营业。这家深夜食堂的老板(小林薰 饰)虽然脸上带着伤疤，却是一个温情且厨艺精湛的男人。虽然小店里的菜谱很简单，但是只要是客人想吃的都可以点，所以小店备受底层小市民的喜爱。延续第一季的风格，深夜食堂里每晚都上演一个耐人寻味的故事，每个故事的主角都有自己钟爱的一款美食。特别值得一提，第一季曾出现的红色香肠再度登场，其中埋藏多年的往事随之揭晓，曾经的故人再度聚首，又展开了一个崭新的温情故事…… 《深夜食堂》在2006年开始连载，由于作品气氛浓郁、风格特殊，二度改编日剧播映，由小林薰担任男主角。隔年获得“第55回小学馆漫画赏”及“第39回漫画家协会大赏”。
