故事发生在1941年，希特勒支持的罗马尼亚铁卫军到处残害人民，迫害共产党员，阴谋进行颠覆，取代安东尼斯库政权，其中铁卫军队长巴拉班尤其嗜杀成性。安东尼斯库政权保安机关的警长（后升为警察总监）莫多万在罗马尼亚共产党支持下,单枪匹马深入虎穴和以巴拉班为首的铁卫军展开血腥斗杀......
民国初年，袁世凯的亲信、军阀宋孝贤妄图拥戴袁世凯称帝，遭到革命党人的坚决反对。二十年前受宋孝贤迫害而失散的一对孪生兄弟岳丰和东华在一次生与死的拼杀中相认，二人携手杀死了宋孝贤，报了家仇国恨。
小说家周时杰（李连杰）被妻子莫尼卡（关之琳）闹离婚，郁闷之下开始编写剧集《冒险王》的剧本，想象中他成了民国时代的冒险王卫亦信，莫妮卡变作日本特务加美子，借此宣泄郁闷。 唐三藏当年西天取得、今下落不明的无字真经成为中国及日本政府争抢的目标，为免日本人捷足先登，中国政府邀请考古专家卫亦信及其徒弟阿城（金城武）追查真经下落，得知线索在经盒表面，两人混入日本领事馆，结识身份神秘的美女加美子，后两人又追线索到某日报社，从编辑英叔（罗家英）口中知晓经盒下落，但消息亦被加美子得知。
在第一部《边境杀手》电影事件发生三年后，这部续集在德克萨斯州的美墨边境附近开幕。随着一名恐怖分子试图通过卡特尔贩毒集团从墨西哥偷渡到美国失败后自爆和之后在堪萨斯城发生的自杀式炸弹袭击，美墨边境的毒品战争升级，联邦特工马特·格拉弗（乔什·布洛林饰）与善变的亚历杭德罗（本尼西奥·德尔·托罗饰 ）重新开始了合作。
