《青春时代2》讲述了《青春时代》之后的故事。“尹真明”求职成功。遭受过约会暴力的“郑艺恩”则休学了1年。比起求职恋爱更为紧急的“宋智苑”仍然维持着母胎单身的状态。成功进行了初次恋爱的“刘恩彩”则陷入了失恋的痛苦。“姜伊娜”空出来的房间住进了新室友“赵恩”。
史无前例的强大病毒席卷整个国家。一起疑点重重的事故导致的后果是，在现场的所有人都在经历过2天的潜伏期后死亡，死亡率高达100%！为了应对这谜团重重的病毒，成立了“特殊传染病防治小组”来寻找解决之道，且调查其背后的真相。小组的成员李明贤（严基俊 饰）在调查的过程中，愈发觉得这起病毒事件远没有想象的那么简单。而这时他们又发现，当时在现场的还有名幸存者，为了防治更多的人被感染，明贤一直在追踪这名幸存者金仁哲（金显佑 饰）。于是一场猫鼠游戏开始展开，而明贤也在追踪的过程中，疑似感染上了病毒。 面对越来越恶劣的大环境，最终的真相究竟如何……
长今（李英爱 饰）出生在一个贱民家庭，他的父亲徐天寿原来当年曾是内禁卫军官，奉命赐予废太后允氏毒药，随后允氏的儿子燕山君登基继位，天寿为了保全自身，辞官而去。天寿在途中救了长今母亲，两人结为连理，隐姓埋名。岂料皇上燕山君如今欲为母报仇，下令追捕所有当年参与杀死允太后的人，长今母亲逃难路上不幸丧命，临终前嘱咐长今进宫。失去了父母的小长今幸得宫中熟手姜德久一家收留，并在他的安排下进入了宫中御厨房做工，开始了她漫长的宫中历程。 韩尚宫（梁美京 饰）非常照顾聪明好学的小长今，然而崔尚宫却因为与韩尚宫的不和而对长今处处刁难，每次在崔尚宫的设局陷害下，长今都以自己的蕙质兰心和坚持不懈一一化解，然而她母亲的身世秘密却逐渐浮出水面，还有更大的困难挡在长今的面前。
