逃出克隆岛

　　影片设定在1995年的东京，主人公高仓宗一郎(山崎贤人 饰)继承亡父之友松下的遗愿研究着等离子蓄电池，并与爱猫皮特和松下之女璃子过着安定平稳的生活。然而，宗一郎却遭到合作伙伴和未婚妻的背叛，自己的公司、正在开发中的机器人和蓄电池都被掠夺，而他自己也被放进冷冻睡眠装置，一觉醒来已来到2025年的东京。在得知爱猫皮特和璃子的死讯后，失去一切的宗一郎决定要跨越30年的时空，进行一场复仇…

　　在哥斯达黎加某个海岛上，发现恐龙，最后相爱相杀
　　为了研究抗癌特效药，探险团队前往失落的孤岛寻找一种远古植物-火狱蔓莲，却在岛上遭遇了远古生物的袭击并发现了侏罗纪遗址，在经历万难，获得花蕊之后，众人再次遭到了迅猛龙追击，最终团队四散，只有三人在危机之中逃了出来

　　2002年冬天，横浜大桥突然被战斗机炸毁，媒体虽然报导此为自卫队战机所为，但实际上这架战机却并不存在。民众广泛对自卫队产生了不信任感。特车二课第二小队的后藤（大林隆介 配音）队长察觉此事与在99年的那场事件中失踪的自卫队队员柘植有关——1999年，日本陆上自卫队的机器人 小队在一次联合国维和行动中遭到全歼。而柘植是特车二课第一小队队长南云（榊原良子 配音）原来的恋人。民众的不信任感达到了顶峰，处于戒严状态的东京面临着大骚乱，人们被即将爆发战争的危机笼罩着。在自卫队王牌队员荒川的帮助下，后藤（大林隆介 配音）和南云追查到了柘植的下落。后藤招集起泉（富永美伊奈 配音）、篠原（古川登志夫 配音）等特车二课原来的成员们，启动PATLABOR机器人进攻柘植的根据地……
　　本片是押井守导演推出了《机动警察PATLABOR》的第二部剧场版。