为了成为合格的神奇宝贝训练师,小智(松本梨香 配音)、天桐(宫野真 配音)、艾莉丝(悠木碧 配音)带着各自的小伙伴继续修业之旅。这次他们来到了美丽的山中小镇艾茵多奥克参加神奇宝贝的比赛,并在此遇到了传说中拥有神奇力量的神奇宝贝比克提尼(水树奈奈 配音)。 早在一千多年前,艾茵多奥克所在的土地上有一个美丽富饶的大地之乡,可是两个王子分别带着黑龙杰克罗姆(高桥英树 配音)和白龙雷西拉姆(谷原章介 配音)发生争斗,令国家崩溃在即。老国王借助比克提尼的力量暂时稳定住了龙脉,而大地之乡则从此凋零。作为大地之乡的后裔,德雷多(つるの剛士 配音)找到了被封印的杰克罗姆,于是决定重建失落已久的故土……
这日柯南、小兰一行人来到米花市市政大厅,一场有关最新游戏“茧”的发布会正在这里召开。由于迥异于以往任何一款游戏的“茧”可能一举改变全球游戏业界的价值观,发布会吸引了代表日本上流社会的政治、财经、演艺界人士,50名游戏体验者也多是他们的后代,新一的父亲、推理小说大师工藤优作由于参与故事编写,也来到现场。这边热热闹闹,游戏的研发者兼负责人坚村却被杀于地下室。坚村死前留在键盘J、T、R上的血迹令柯南想到答案可能在游戏中,他利用优作的关系加入了体验者队伍,小兰、灰原哀等人也拿到了体验入场券。
美人鱼爱丽儿和王子埃里克结婚后过着幸福美满的生活,不久,两人的女儿麦乐迪也出生了。小家伙天性调皮,和妈妈正好相反的是,她一直向往着海底绚丽多彩的世界,爱丽儿也一直没有告诉她自己的身世。 上一集企图加害爱丽儿的巫婆的妹妹莫嘎纳为了帮姐姐报仇,骗麦乐迪说能帮她变成美人鱼,乐不可支的麦乐迪就这样跟着莫嘎纳前往了海底。丢失了爱女的爱丽儿和埃里克异常焦急,为了寻找爱女下落,爱丽儿决定重回大海。
在澳洲大堡礁的深海中,小丑鱼爸爸玛林和儿子尼莫简单幸福的生活着,可是爸爸做事常常畏首畏尾,是个胆小鬼,尼莫觉得爸爸很不勇敢,甚至有点看不起自己的爸爸。小尼莫却天不怕地不怕,跟同伴们去水面玩耍的时候,竟然被渔网捞了起来,辗转被卖到一家牙医诊所。玛林对儿子的生死未卜感到十分的担忧,就算平时不能大胆行事,为了儿子也要勇敢豁出去了。可是在路上遇到了很多艰难与恐惧,令他十分胆怯。幸好他遇到了好心的多瑞,一路与他作伴。父子俩都遇到了很多热心的帮助,最终都能重逢,玛林也从此成为儿子以及大家心中的英雄。