宇宙世紀0071年。サイド3ムンゾ自治共和国の議長だった父ジオン・ズム・ダイクンを亡くしたキャスバルとアルテイシアは、父の側近ジンバ・ラルと一緒にサイド3を脱出。地球で、エドワウ・マスとセイラ・マスと名前を変えて生活していた。一方サイド3はジオン自治共和国と国名を改め、副議長だったデギン・ソド・ザビ率いるザビ家が実権を掌握。ザビ家はキャスバルとアルテイシアを追いつつ、対地球連邦軍をにらみ、新兵器のモビルワーカーの開発に着手していた。
宇宙海盗抓获了圣灵系神兽精灵迈尔斯，迈尔斯在被捕前将幻影宝石交给儿子蒙塔，将它送出了幻影星。圣灵系迈尔斯的求救惊动了远在赫尔卡星的雷伊，雷伊迅速做出了反应前往了幻影星。被海盗追击的蒙塔闯入赛尔号，并意外帮助赛小息赢得赛尔号一年一度的精灵大师杯的选拔赛。得知蒙塔的身世后，赛小息决定和队友阿铁打、卡璐璐一起帮它救出爸爸迈尔斯，众人踏上寻找幻影星的旅程，那么结局到底是什么呢？请大家拭目以待。
故事的主角是五个无恶不作的坏蛋——风度翩翩的扒手“大坏狼”、见多识广的保险箱窃贼“贪心蛇”、冷静沉稳的伪装大师“美肚鲨”、暴躁易怒的打手“食人鱼”、伶牙俐齿的黑客专家“骇客蛛”闪亮登场，他们是最臭名昭著的“坏蛋联盟”。他们平时威风八面，四处作案，令人闻风丧胆。直到某一天，他们突然想成为模范公民，然而转型路途甚是艰难，且意外层出不穷，令人啼笑皆非。
从小就立志当医生不愿当公主的珍珠离开了国王叔叔，与贾大波骑士和佐格龙组成了一支云游四海为病人治病疗伤的三人飞行医生团队。他们一路上救治了晒伤的美人鱼、多角的独角兽和打喷嚏的狮子等病人。然而，恶劣的暴风雨天气迫使他们降落在国王的宫殿，珍珠被国王软禁了起来，佐格和贾大波也被士兵们驱逐。。。
一场水危机打破了葡萄城的平静生活，阿凡提在百姓的嘱托下肩负起了寻回水源的重担。冒险途中，变故接踵而至。他一路追寻真相，却在真相浮出水面时为之错愕。为守护所爱之人，阿凡提必须激起全部的智慧与勇气，直面险恶人心。
