蜡笔小新：云黑斋的野心

水と触れ合うことが好きな七瀬遙は、仲間の橘真琴と共に入学した岩鳶中学校で水泳部に入部。遙は、真琴と椎名旭、桐嶋郁弥でメドレーリレーのチームを組むことに。彼らは個性も考え方もバラバラで、全くうまくいかない。それでも遙はチームになるために必要なことを考え、互いを少しずつ知り、練習を積み重ねていく。

曾经作恶多端的大坏蛋麦克迈（威尔·法瑞尔 Will Ferrell 配音）在弃恶从善，化身为大都会的守卫者后，他当初发明出来的一系列邪恶道具再无用处。麦克迈灵机一动，举办了一次邪恶巢穴展销会，将恐怖泰迪熊、蜘蛛机器人、激光枪、火焰喷射器、死亡靴轮等当年的邪恶作品拿出来拍卖，任市民们选购。黄昏将近，拥挤不堪的巢穴变得空空荡荡，不过还有一个带着按钮的小盒子没有销售出去。麦克迈忘记了它的用处，随便按了一下，却意外启动了自己发明的最强大最邪恶的巨型机器人作品——超级超级大坏蛋（MMM）。面对一身正义战士装束的麦克迈，机器人不认旧主，向其发起了无情的攻击……

知名製藥公司-泰達羅斯（Daidalos）的總部發生了一場爆炸案，一個少年被困在崩落的鋼架中無法脫身，生命危在旦夕。此時，在以不追究無照醫療行為的條件下，黑傑克進行了一場任誰都無法想像的「外科手術」…
　　同一災難引發了另一場悲劇：一位母親身受重傷而全身癱瘓，為了不拖累子女，她找來有「死神化身」之稱的奇利柯醫生以求安樂死。另一方面，他的孩子為了救母親，日以繼夜打工存錢，希望黑傑克為母親動手術。看著他們的身影，黑傑克不自覺想起自身的遭遇…
　　兩位醫師，一位要致死，一位要救命，就在秘密之島「伊卡洛斯島」上，黑傑克與奇利柯將展開一場生死攸關的衝擊性對決。爆炸事件的內幕為何？系列史上的最大危機，正一步步向這位天才外科醫生逼近！