当还是很和平的时候，世界突然出现了一个企图侵略地球的邪恶军团“黑暗十字军”，地球受到无尽的威胁。在这时，联合国组成了一支地球保卫联盟的军队。这支军队被分配到不同角落，其中一支就处于日本。“黑暗十字军”开始在日本不同地区破坏。 日本各地，黑暗十字军各自选出目标，杀害反对他们的人。当大家都被杀害，其中五人奇迹生还并发誓会复仇。他们穿上特别的电子战衣，使用着普通人没法使用的超能力。指挥官告诉他们，他们是秘密的战士·“秘密战队五连者”。具有很好的机会去对抗十字军。
故事以前作《科学小飞侠Crowds》的后续剧情展开。距离“立川事件”已经过了一年，当初贝尔库·卡切赋予尔乃美家累的力量“CROWDS”在日本首相菅山的推广之下已在人类社会当中广泛普及。然而仍然存在着对此感到不满的人们，此时菅山遭到不明人士的袭击，GATCHAMAN的全新战斗就此揭开序幕。
1889年，世界正处于工业革命蓬勃发展的时代，国与国之间交往密切，距离一下子被拉近。然而贪婪仍是主流，欧洲列强在亚非地区展开掠夺，战争的阴影始终笼罩在世界的上空。当年在法国巴黎举行的万国博览会上，酷爱发明的14少年让（日高のり子 音）结识了来自马戏团的女孩娜蒂娅（鷹森淑乃 音）。黑色的头发、褐色的皮肤以及周身散发的神秘气质另让倍感好奇，而他很快便和娜蒂娅卷入一场纷争之中。钟爱宝石的格兰蒂斯及其两个手下汤姆和汉森对娜蒂娅胸前佩戴的蓝宝石展开围追堵截，他们此时还不知道，这块宝石隐藏着惊人的秘密。在接下来的日子里，让和娜蒂娅围绕这颗宝石展开了一连串的大冒险…… 本片根据科幻小说《海底两万里》和《神秘之岛》改编。
故事发生在一个风景宁静而又秀丽的小镇上。富户桃子（立花理香 配音）是一个个性活泼开朗，天真可爱的女孩，只是有时候可能过于天真了，天真到有些天然呆的程度。涩泽涩美（岭内知美 配音）是桃子青梅竹马的玩伴，两人在小学时代就认识了。和桃子的热情不同，涩美的个性有些冷淡，但实际上内心里还是非常善良的。 古井真由美（久保由利香 配音）是刚刚转来的转校生，特点就是拥有异于常人的粗眉毛，无论是长相还是性格都非常的人畜无害。故事就围绕着这三个女子高中生展开，每一天都日常都因为有彼此相伴而变得格外温馨。
在暑假结束後的第一天，一名因为意外而回到过去的大佐基利亚共和国驾驶员，对渡瀬青叶展开了袭击。弓原雏为了保护渡瀬青叶，也乘上了自己的机体，与敌人展开战斗。但最后两人却因为又一次的意外，来到了未来的世界。在转移过程中，弓原雏只留下了“迪奥正在等你”的讯息，就随即消失了……
在一次对治某村庄食尸鬼的超自然事件时，平凡女警女警西洛斯·维多利亚遭到袭击，奄奄一息，关键时刻吸血鬼杀手阿尔卡特出现，铲除食尸鬼，并将西洛斯变成了吸血鬼的一员，她顺理成章也接触到了阿尔卡特背后的神秘组织，即为维护英国基督新教、与反基督怪物作战的皇家国教骑士团（Hellsing），在现任当家伊塔古拉·方布鲁克·维英格茨·赫尔辛的率领下，他们接手一桩桩危险且阴谋重重的任务。在这一过程中，与食尸鬼有关的事件层出不穷，死后背后有另一个神秘组织正在策划惊天阴谋。梵蒂冈特务局第十三课Iscariot机关局长安利哥•马克斯威尔、安德鲁森神父等重要人物相继现身，为了保护英国本土和基督新教，第九次十字军成立，而他们的对手则是纳粹余孽少校所率领的1000头食尸鬼组建的千禧年大军。 伦敦上空阴云密布，前所未有的正邪之战拉开序幕……
故事发生在未来的世界之中，彼时，人类已经可以在日常生活中使用少量的魔法月白瞳美（石原夏织 配音）是拥有着魔法使血统的魔族末裔，虽然能够使用魔法，但是在生活里月白一直都对此十分回避。月白自幼患有色觉障碍症，无法看到颜色，生活在黑白世界中的她因此性格也十分的压抑和冷漠。祖母非常担心月白的未来，于是施法将她送回了2018年的长崎。 在60年前的长崎，月白遇见了还是高中生的祖母琥珀（本渡枫 配音），更让月白感到惊讶的是，自己眼前的世界竟然变得绚丽多彩起来。热衷于画画的葵唯翔（千叶翔也 配音）、温文尔雅的山吹将（前田诚二 配音）、开朗乐观的川合胡桃（东山奈央 配音），在这里，月白很快就交到了朋友。
描述主角灯荒仁在机缘巧合下，碰到了过去的好友浅观音真宝，但却因此卷入了一场强者间斗争的故事。
璃星（佐仓绫音 配音）个性活泼开朗，对甜食有着超越了一般人的狂热。蓝璃（日高里菜 配音）容易沉浸在自己的世界里，外表沉默寡言的她是个容易害羞的女孩。情同手足的姐妹两人和哥哥（松冈祯丞 配音）生活在同一屋檐下，在哥哥的照料和保护之下，璃星和蓝璃的每一天都在快乐中度过。 超级吃货真子（高森奈津美 配音）、非常擅长料理家事但对烹饪却一窍不通的幸子（诹访彩花 配音）、口嫌体正直的女仆姬咲（徳井青空 配音）、经常容易感到肚子饿，沉默寡言内向害羞的流叶（大西沙织 配音），和兄妹三人一起生活的，还有这些个性迥异的女孩们。
OKI是猴子星球派遣出来的地球探险队的一名队员。OKI发现了长相有点怪、又有点像自己的TAKI，误把他当作了地球的主人。于是，OKI在TAKI的脑袋上放了一根天线，以方便对他的行为进行研究。
东方院行人（下野紘 配音）是一个不太擅长和女孩子打交道的害羞少年，在一次负气出走中，倒霉的行人竟然遇见了百年难得一见的超级暴风雨。顺着海浪，行人漂流到了一座叫做蓝岛的岛屿上，而这竟然是一个全部都是女孩子的圣地！从来没有见过男孩子的女孩们对行人的到来产生了莫大的兴趣，为了避免混乱发生，岛上的长老决定举行一个“夫婿捉鬼游戏大会”，对于行人来说，他要做的唯一事情即是拼命逃跑。 在岛上，行人结识了傻萌的小铃（堀江由衣 配音），能干的铃音（千叶纱子 配音），巫女麻知（高桥美佳子 配音）以及一大帮善良有爱的朋友们，蓝岛快乐又惊险的生活开始了！
我一定会拯救你。 菜月昴打倒了魔女教大罪司教「怠惰」担当的贝特鲁吉乌斯·罗曼尼康帝，并与爱蜜莉雅重逢。两人在经历苦涩的诀别后终于和解，但那却是新的波澜的开端。 超乎想像、走投无路的危机，以及无情袭来的现实。 少年再次面对残酷的命运。
