距离现在2000年前，第七音素(セブンスフォニム)的发现，行星的诞生至到被消灭的未来都记载在“星之记忆”中。因此各国都为了得到星之记忆，使奥尔多兰特开始战乱的时代。 长期的战争使大地疲乏，产生了有毒的障气。人们就随着懂得读取星之记忆的谱术士尤利亚·乔艾的预言，把充满障气大地封住。 时至今日—— 世界被分为奇姆拉斯卡·蓝巴尔迪亚王国和马尔库特帝国二大国家，保持着短暂的和平。但是真正支配人们的，不是两国的王国，而是守护着尤利亚教训的罗雷莱宗教团的“预言”。
20世紀末の現代、高校生の火野ヤマトは体育館で自分の名を呼ぶ巨大な「魔神」の幻影を見る。幻を振り払おうとするヤマトであったが、「魔神」とともに「見知らぬ女性」の声が聞こえたとき、ヤマトは声に歩み寄ってしまう。 ヤマトが「魔神」によって運ばれた先は1万年前に地殻変動で海に沈んだはずのムー大陸であった。訳が判らないヤマトに対しムーの民たちは彼を「マジンガーが選んだ救世主」と持ち上げる。彼らムーの民の守護神こそ、彼を現代から過去に運んだゴッドマジンガーであった。そんな折、ムーの民と拮抗する勢力であるドラゴニアが襲来すると、再び「魔神」の声がヤマトを呼び寄せる。ヤマトがゴッドマジンガーと融合したとき、ゴッドマジンガーはドラゴニアの恐竜軍団を撃退するのであった。
