1897年，大韩帝国时代动荡混沌，时有不同罪案发生，别巡检调查队四出调查，找寻破案的线索。 别巡检第2季的时代背景为1897年大韩帝国的国号宣布之后，比第1季还要迟些。高宗自俄罗斯回国后自称为皇帝，由此朝鲜便变为帝国，以阐明国家的自主性和独立性。并且施行了财政、教育、军事等几乎全方位的光武改革，令朝鲜向现代化迈进了一大步。因此这个时期应该是比第1季更为激动人心的时期，然而大韩帝国所追求的新价值，让国民看到的却是比任何时候都强大的同一与自主的混乱。
人人都在追忆逝去的青春，希望重新回到十八岁的年纪，弥补当年的遗憾，完成未完成的事。可是对于现年三十岁的医生徐允在（孔侑 饰）而言，因为车祸而导致的灵魂互换，让他成了表面三十岁的大叔，内心却是十八岁的少年的事情，应该不是那么令人兴奋。 因为这次互换，徐允在实际上成为了高中生姜景俊（申原昊 饰），看着镜中陌生的脸，成为允在的景俊起初迫切想要找到回到真身的办法，可一时半会却找不到。于是景俊只得不安的开始了新生活，而他首先要面对的就是允在的未婚妻，也是自己老师的吉多兰（李珉廷 饰）。面对自己未婚夫性情的大变，让多兰很是不适应。而这还只是故事的开端……
李贤（徐仁国 饰）从小就展现出了远远超越常人的高超智商，却也展现出了宛如魔鬼的一面，因此被身为犯罪心理学专家的父亲李钟民（全光烈 饰）视为怪胎，严格加以管束。不幸的是，李钟民惨遭杀人魔的毒手，目睹了这一切的李贤因为受到了极大的刺激而失去了记忆。 成年后，李贤成为了一名犯罪心理学教授，出版了诸多著作。某日，在案发现场，李贤邂逅了菜鸟刑警车智安（张娜拉 饰），车智安曾是李贤的书迷，对这位天才作者十分着迷。然而，当她想向李贤寻求帮助时，却被后者冷漠的拒绝了。车智安对李钟民被害一案十分感兴趣，一直锲而不舍的探求着真相，缘分将李贤和车智安紧紧的连系在一起，碰擦出一段精彩绝伦的故事。
在高中时，一直以来很安静的石宇向很有人气又长得帅的朋友池勋告白了，但这份心意没有正确传达给池勋，因此他们还是以「朋友」的形式继续相处下去。上大学后，两人关系虽然还是一如往常，但石宇却渐渐对这段关系感到厌倦，因此决定和池勋绝交。郑河旻在学校偶然捡到了石宇的笔记，被里面的文字感动到因而想邀请石宇帮忙参与网漫故事的写作，两人也因此感情愈来愈好
