1897年，大韩帝国时代动荡混沌，时有不同罪案发生，别巡检调查队四出调查，找寻破案的线索。 别巡检第2季的时代背景为1897年大韩帝国的国号宣布之后，比第1季还要迟些。高宗自俄罗斯回国后自称为皇帝，由此朝鲜便变为帝国，以阐明国家的自主性和独立性。并且施行了财政、教育、军事等几乎全方位的光武改革，令朝鲜向现代化迈进了一大步。因此这个时期应该是比第1季更为激动人心的时期，然而大韩帝国所追求的新价值，让国民看到的却是比任何时候都强大的同一与自主的混乱。
该剧讲述一个诈欺师一不留神和警察结婚，随后被卷入荒唐的事件并成为国会议员候选人的故事。
此剧讲述一个原本以善良闻名的家庭主妇因某种原因而不得不伪装成有着“魔女”恶名的双胞胎妹妹，过上双重生活的故事。
韩国企业家姜仁久（河正宇 饰），在别无选择下只能冒着生命危险加入政府机密任务，前往苏里南逮捕大毒枭全耀焕（黄政民 饰）。
李成桂（千浩振饰）为了正式的投身政治启程去往开京，李芳远（刘亚仁饰）也跟随着父亲去了开京。来到开京的李芳远看到了置百姓死活于不顾只为自己填饱肚子的权文势族，无法抑制住自己内心的愤怒。原本就对于李成桂的政界出仕很警惕的李仁谦（崔钟元饰）将李成桂邀请到自己家里并举办了宴会，在宴会上李仁谦给他看了以他背叛了曾经像兄弟一样的赵小生（安吉强饰）为题材的街头剧。在宴会结束后李成桂为了让李仁谦保守自己背叛赵末生的秘密，向李仁谦低下了头，李芳远目击到了这一幕
因为一场突如其来的悲剧，国会议员的妻子被迫走出原本低调的生活，还要面对家族秘密和自己的痛苦过往。
大韩民国最高贵族玄基俊（姜至奂 饰）不仅拥有了外貌、财富、学识、时尚品味，同时也有着作为贵族的自负心、责任感、教养和礼仪。而且作为一家大型酒店集团代表理事的他几乎是所有女性的心中的白马王子。酒店文化体育观光部的五级公务员孔雅婷（尹恩惠 饰）则是个性格外向还有点厚脸皮的大龄剩女。 本来风牛马不相及，八竿子打不到一起的两个人，却因为孔雅婷无意间脱口而出的一个荒唐透顶的谎言，无奈地被卷入到一场结婚绯闻中,从此两个南辕北辙的人的命运交织在了一起。而玄奇俊的弟弟玄尚希（成俊 饰）对于这个男孩子气的假嫂子心生爱慕，暗暗展开追求。同样，玄基俊的前女友吴允珠（赵允熙 饰）从巴黎回来，对他念念不忘，展开了争夺战。这场四人感情大战会有如何意外的结局呢？
