1897年，大韩帝国时代动荡混沌，时有不同罪案发生，别巡检调查队四出调查，找寻破案的线索。 别巡检第2季的时代背景为1897年大韩帝国的国号宣布之后，比第1季还要迟些。高宗自俄罗斯回国后自称为皇帝，由此朝鲜便变为帝国，以阐明国家的自主性和独立性。并且施行了财政、教育、军事等几乎全方位的光武改革，令朝鲜向现代化迈进了一大步。因此这个时期应该是比第1季更为激动人心的时期，然而大韩帝国所追求的新价值，让国民看到的却是比任何时候都强大的同一与自主的混乱。
该剧是一部通过某一天突然选择了死亡的朋友留下的疑问的照片来面对过去事件的幻想型罗曼史推理剧。
济州岛高级饭店，一场华丽盛大的结婚典礼。新郎申贤宇（韩相镇饰）正幸福的等待着新娘朱雅兰（李素妍饰）的到来，然而这将是一场阴谋与复仇的开始。从小父母双亡的雅兰一直过着不幸的生活。当她意外得知父母是被申氏家族所害的时候，决定不顾一切地展开报复。 在缜密的复仇计划下，雅兰嫁给了自己仇家的儿子贤宇，随即开始了她不择手段的报复。一次偶然的机会，贤宇得知了雅兰的秘密。被仇恨冲昏头脑的雅兰居然设计了一场车祸，欲将贤宇置于死地。然而贤宇死里逃生，却成为了植物人。恢复意识的贤宇誓要报复这个狠毒的女人，保护自己的家人。经过全身整形，此时的贤宇（裴秀彬饰）以英俊潇洒的海归商人的身份形象再次出现。一场因复仇而起又陷入另一个复仇漩涡的较量旋即开战。
传说在远古时代，各大山各大水都有守护灵守候。而智异山的守护神则是九越灵（崔振赫 饰），因为目睹了人间一起事件，进而对事件的女主角尹西花（李沇熹 饰）产生了爱意，甚至不惜放弃永恒的生命。为了成为人类，九越灵需遵守九家之书的三项规定，而因为意外，九越灵未能遵守，留下了西花和他们刚刚出生的孩子。而西花把儿子抛弃江中，被富商朴武率所收养，长成了热血冲动，充满好奇心的崔江置（李昇基 饰）。而另一边，不满时代对女性的定义，想要活出自己个性的无形刀馆的教官谭汝蔚（裴秀智 饰）因为一次调查，和江置邂逅，对江置产生了一种怜惜之情，而二人也在一系列的事件中萌生了爱意。 半人半兽的江置，在一系列的事件里，寻找成为人类的办法，而他也在这个过程中收获了勇气、爱情及力量。
吴允书（刘仁娜 饰）在考上了法学院之后没多久就转行成为了女明星，然而，原本憧憬的星路却走得并不顺利，无戏可接的吴允书只得以体验生活的名义来到了韩国最顶级的律师事务所“Always”里实习。虽然吴允舒对打印复印办公软件一类的东西一窍不通，但她却因为曾经法学院学习的经历而意外的非常擅长使用案件检索系统，因此而吸引了全韩国最挑剔、最毒舌，但也是最厉害的律师权正禄（李栋旭 饰）的注意。 就这样，吴允书成为了权正禄的私人秘书，刚开始，这个傲慢而又冷漠的男人经常让吴允书感到非常的火大，但随着时间的推移，一种科学无法解释了磁力在两人之间产生了。
