1897年，大韩帝国时代动荡混沌，时有不同罪案发生，别巡检调查队四出调查，找寻破案的线索。 别巡检第2季的时代背景为1897年大韩帝国的国号宣布之后，比第1季还要迟些。高宗自俄罗斯回国后自称为皇帝，由此朝鲜便变为帝国，以阐明国家的自主性和独立性。并且施行了财政、教育、军事等几乎全方位的光武改革，令朝鲜向现代化迈进了一大步。因此这个时期应该是比第1季更为激动人心的时期，然而大韩帝国所追求的新价值，让国民看到的却是比任何时候都强大的同一与自主的混乱。
反抗失败、挚友身亡、私下背弃。456号玩家成奇勋（李政宰 饰）宛如坠入绝望深渊，但鱿鱼游戏不会因任何人而停止，奇勋和幸存的玩家被迫玩起一个比一个致命的游戏，意志力备受考验。奇勋在走投无路之下被迫做出重要抉择，而他们每一轮的选择就如骨牌般，一步步推向更严重的后果。与此同时，黄仁昊（李秉宪 饰）重回“负责人”岗位，接待来历成谜的贵宾，弟弟黄俊昊（魏嘏隽 饰）则继续寻找神秘的游戏岛，浑然不知队上早有叛徒。奇勋能够做出正确的决定吗？还是信念终究会被负责人击溃呢？
女主人公银河偶然在家中天花板发现神秘“白洞”，与拥有强大吸引力的“黑洞”不同，“白洞”则是释出物体，剧中她陆续收到铅笔、吉他弹片（pick）、穿过的白袜以及揉成一团的信件。
该剧以特殊警卫要员金蔎雨和topstar汝云光的兄弟情作为焦点展开。朴海镇饰演的特殊警卫员只有国情内部少数上级才知道他的存在，总是摆着一张扑克脸，他的新任务是担任韩流明星吕云光的警卫。女主是汝云光的脑残粉，后进入汝云光的经纪公司成为他的经纪人，全心全意的保护他的偶像，但是神秘保镖蔎雨的到来打破了她原来的完美生活……
济州岛高级饭店，一场华丽盛大的结婚典礼。新郎申贤宇（韩相镇饰）正幸福的等待着新娘朱雅兰（李素妍饰）的到来，然而这将是一场阴谋与复仇的开始。从小父母双亡的雅兰一直过着不幸的生活。当她意外得知父母是被申氏家族所害的时候，决定不顾一切地展开报复。 在缜密的复仇计划下，雅兰嫁给了自己仇家的儿子贤宇，随即开始了她不择手段的报复。一次偶然的机会，贤宇得知了雅兰的秘密。被仇恨冲昏头脑的雅兰居然设计了一场车祸，欲将贤宇置于死地。然而贤宇死里逃生，却成为了植物人。恢复意识的贤宇誓要报复这个狠毒的女人，保护自己的家人。经过全身整形，此时的贤宇（裴秀彬饰）以英俊潇洒的海归商人的身份形象再次出现。一场因复仇而起又陷入另一个复仇漩涡的较量旋即开战。
