1897年，大韩帝国时代动荡混沌，时有不同罪案发生，别巡检调查队四出调查，找寻破案的线索。 别巡检第2季的时代背景为1897年大韩帝国的国号宣布之后，比第1季还要迟些。高宗自俄罗斯回国后自称为皇帝，由此朝鲜便变为帝国，以阐明国家的自主性和独立性。并且施行了财政、教育、军事等几乎全方位的光武改革，令朝鲜向现代化迈进了一大步。因此这个时期应该是比第1季更为激动人心的时期，然而大韩帝国所追求的新价值，让国民看到的却是比任何时候都强大的同一与自主的混乱。
由于总统在缅甸遭受恐怖袭击，所以国防部决定对朝鲜进行报复行动，该行动由国防部长崔英灿主导，但21名特种部队成员完成任务后却遭灭口，在好友朴武烈保护下，李震彪（金相中 饰）成了唯一的幸存者。面对国家背叛，他决定复仇。他抢走了朴武烈的独子潜逃至泰国，抚养他长大。28年后，从美国MIT学成归来的李润成（李民浩 饰），带着义父复仇的旨意回到韩国。为了掩人耳目，他的身份是青瓦台国家通信网特聘专家，阴错阳差结识了青瓦台警卫员金娜娜（朴敏英 饰），后者身世凄惨，但颇为坚强，相似的命运让两人发生了一段生死之恋。李润成在复仇时用了“城市猎人”的代号，成为首尔检察官金英株（李俊赫 饰）一直追逐的目标。在一个个消灭主谋的同时，真相正在浮出水面……
公元1506年，燕山君（李东健 饰）暴虐无道，群臣发动政变，拥立燕山君之弟：晋城大君（延宇振 饰）为王，即位为朝鲜中宗。中宗与王妃慎彩景（朴敏英 饰）鹣鲽情深，却因其父为燕山君的心腹大将，让彩景仅仅做了七日的王妃，便在群臣的逼迫之下遭到废黜。相爱却无法相守，被迫分离的两人，用一生的时间思念着彼此，留下朝鲜史上最刻骨铭心的爱情悲剧。
正在准备与财阀二世再婚的女主人公，因为丈夫在提交离婚申请书时发生车祸而失忆，使得两人之间的离婚在法律上不成立，为了再次结婚而过着双重生活所发生的搞笑，感人故事。
此剧是刻画死守犯罪现场黄金时刻的112举报中心队员们的激烈记录故事。男女主角是在大韩民国最落后的地区112举报中心工作，为了追踪杀害他们家人的连锁杀人犯，认识到死守在犯罪现场里的黄金时刻的重要性，从而成为真正的112举报中心队员以及警察的故事。
